El microbioma ruminal: La nueva herramienta en la selección de vacas frisonas con menores emisiones de metano

Artículo técnico que se publicará en la revista Frisona Española 274 (jul-ago 2026)

Un estudio internacional publicado en Journal of Dairy Science, con participación de CONAFE, abre una vía prometedora para reducir las emisiones de metano  en vacuno lechero: utilizar la información del  microbioma ruminal como apoyo a los programas  de selección genética.

Una nueva herramienta para una ganadería más eficiente y sostenible

El metano entérico es una consecuencia natural de la fermentación ruminal. Gracias a los microorganismos del rumen, la vaca transforma fibra que las personas no podemos aprovechar en leche y nutrientes de alto valor. Pero en ese proceso también se produce metano, un gas de efecto invernadero que, además, supone una pérdida de energía para el animal.

La buena noticia es que estas emisiones de metano pueden reducirse mediante mejora genética. El estudio “Rumen metagenome as a genomic selection target to reduce enteric methane emissions”, publicado en Journal of Dairy Science, analiza si determinadas características del metagenoma ruminal pueden servir como nuevos indica-dores para seleccionar animales con menor emisión de metano. El trabajo cuenta con la participación de investigadores de Australia y España, entre ellos CONAFE, junto con INIA-CSIC y NEIKER-BRTA.

El estudio incluyó datos de 829 vacas Holstein con información de metano, genotipo y muestras ruminales. En España participaron 426 vacas Holstein de primera o segunda lactación, procedentes de 14 granjas comerciales de Cantabria, País Vasco, Navarra y Gerona. Las emisiones se registra-ron mediante sensores tipo sniffer instalados en robots de ordeño, que miden la concentración de metano durante las visitas de las vacas al sistema automático. Además, los genotipos españoles se imputaron utilizando la población de referencia de CONAFE, con más de 200.000 genotipos.

La clave del trabajo fue buscar un núcleo común del microbioma ruminal, es decir, un conjunto de microorganismos y funciones presentes en la mayoría de los animales de las poblaciones australiana y española. Ese núcleo compartido estuvo formado por 93 géneros microbianos, 2.496 grupos funcionales KO y 2.198 COG, presentes en al menos el 90 % de los animales analizados.

¿Qué aporta esto a las granjas?

Medir metano de forma directa en granjas comerciales sigue siendo difícil y costoso. Además, no todos los países o centros de investigación utilizan el mismo sistema de medición. En este trabajo, Australia midió producción diaria de metano con el método SF6, mientras que España midió concentración de metano con sniffers. El microbioma ruminal puede actuar como un puente entre estos sistemas, porque la base biológica es la misma: el metano se produce principalmente por la actividad de microorganismos del rumen.

Los resultados indican que algunas características del microbioma son heredables y están correlacionadas genéticamente con las emisiones de metano. Por tanto, podrían incorporarse como caracteres auxiliares en futuros pro-gramas de selección genómica. 

En términos prácticos, esto no significa que mañana cada ganadería tenga que secuenciar el rumen de todas sus vacas, sino que la información ruminal podría reforzar las poblaciones de referencia y mejorar la precisión de las evaluaciones genómicas para reducir emisiones.

El estudio comparó tres estrategias: seleccionar directamente por menor emisión de metano, seleccionar indirectamente por perfiles favorables del microbioma ruminal y combinar ambas fuentes de información. La combinación fue la opción más prometedora. En España, al combinar metano y microbioma, las reducciones estimadas fueron entre 1,05 y 1,39 veces superiores a las obtenidas seleccionando solo por metano. En Australia, algunas combinaciones llegaron a mejorar la respuesta hasta 1,48 veces frente a la selección directa.

Un paso adelante con participación española

La contribución de CONAFE es especialmente relevante porque conecta la información genética de la población frisona española con un esfuerzo internacional para reducir emisiones sin perder de vista la rentabilidad y la funcionalidad de las vacas. El estudio también agradece la colaboración de asociaciones regionales de frisona y ganaderos españoles, fundamentales para recoger datos en condiciones comerciales.

Los autores son prudentes: antes de aplicar estos resultados de forma rutinaria; será necesario validarlos en poblaciones más amplias y en diferentes condiciones de manejo, alimentación, lactación y ambiente. 

Aun así, el mensaje es claramente optimista. El microbioma ruminal puede convertirse en una pieza más de la mejora genética moderna: una herramienta para seleccionar vacas eficientes, productivas y con menor huella ambiental.

Conceptos clave

Metano entérico: metano producido durante la fermentación ruminal y expulsado principalmente por eructación.

Microbioma ruminal: comunidad de bacterias, arqueas, protozoos y hongos que viven en el rumen y permiten digerir la fibra.

Metagenoma ruminal: información genética conjunta de esos microorganismos. Permite conocer no solo “quién está” en el rumen, sino también qué funciones realiza.

Núcleo común del microbioma: grupo de microorganismos o funciones presentes en la mayoría de los animales estudiados. En este trabajo se buscó un núcleo compartido entre vacas Holstein de Australia y España.

Selección genómica: uso de información del ADN para estimar el mérito genético de los animales y tomar mejores decisiones de selección.

“Sniffer”: sensor que mide la concentración de metano y otros gases en el aire exhalado por la vaca, por ejemplo, durante el ordeño robotizado.

Sepulveda, B. J. et al. 2025. Agriculture Victoria Research, AgriBio, Centre for AgriBioscience, Aus-tralia. School of Applied Systems Biology, La Trobe University,Australia.

Rumen metagenome as a genomic selection target to reduce enteric methane emissions. Journal of Dairy Science 108:8619–8636. https://doi.org/10.3168/jds.2024-25436.

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